La gestion de l'Institut Charolais est assurée par la filière viande Charolaise regroupée en association de type "Loi de 1901" créée en Décembre 95. Cette association, répartie en trois collèges, regroupe les 3 chambres consulaires du département de Saône et Loire et une trentaine de structures représentatives de la filière viande charolaise qui, ensemble, se sont engagées pour un plan de financement sur 5 ans.

La prise en charge de l'Institut Charolais par le regroupement des professionnels de la filière montre bien l'enjeu économique de cette entreprise et la dynamique qu'elle a su créer.